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Bereits im Jahre 1875 wurde in Schaffhausen die erste Loge gegründet: die Loge «Freier Rhein». Die Aufnahme in die Schweizerische Grossloge Alpina (SGLA) erfolgte im Jahre 1877. Trotz eines anfänglichen raschen Wachstums löste sich die Loge 1887 wieder auf. Die wenigen der Freimaurerei treu gebliebenen Mitglieder gründeten kurz darauf das Kränzchen «Akazia» unter der Schutzherrschaft der Loge von Winterthur. Während nahezu 100 Jahren versammelten sich Freimaurer aus Schaffhausen einmal im Monat zu Vorträgen und Diskussionen in diesem Zirkel. Gelegentlich traf man sich auch mit den Ehefrauen und Gästen zu gesellschaftlichen Anlässen, und dank einer Armenkasse konnte sogar eine gewisse lokale Wohltätigkeit ausgeübt werden. Ab 1963 bezeichnete sich das Kränzchen als «Freimaurer-Zirkel Akazia Schaffhausen». 1968 gründeten dessen Mitglieder den «Verein St. Johann zur Gründung einer Freimaurerloge in Schaffhausen», der die materiellen und organisatorischen Voraussetzungen für eine Logengründung schaffen sollte. Dies führte dann am 9. November 1981 zur Gründung der Loge «St. Johann am Rhein» und der Vorlage ihrer Statuten und Rituale bei der SGLA durch 19 Freimaurer aus den Reihen des Zirkels und des Vereins.